द्विपक्षीय समझौते दो स्तरों पर संचालित होते हैं। डीएआरई विदेशी सरकारों के साथ समझौते करता है, जबकि भाकृअनुप अनुसंधान परिषदों, संस्थानों और विश्वविद्यालयों के साथ समझौते करता है। 51 द्विपक्षीय समझौतों में अफ्रीका, अमेरिका, एशिया, यूरोप और ओशिनिया के साझेदार शामिल हैं। संयुक्त राज्य अमेरिका और ऑस्ट्रेलिया के साथ सबसे अधिक संख्या में समझौते हैं, प्रत्येक के साथ छह समझौते हैं, जिनमें से अधिकांश विश्वविद्यालयों के साथ हैं।
हाल के वर्षों में सहयोग का तेजी से विस्तार हुआ है। जुलाई 2025 से भाकृअनुप ने EMBRAPA (ब्राजील), अफ्रीकन प्लांट न्यूट्रिशन इंस्टीट्यूट (मोरक्को), ITRA (टोगो), पेंसिल्वेनिया स्टेट यूनिवर्सिटी (अमेरिका), FGBI ARRIAH (रूस), डलहौजी यूनिवर्सिटी (कनाडा), इंडिया–इजराइल इनोवेशन सेंटर फॉर एग्रीकल्चर, गेट्स फाउंडेशन, यूनिवर्सिटी ऑफ नेब्रास्का-लिंकन (अमेरिका), सेशेल्स सरकार, CARI (लाइबेरिया) और CSIR-CRI (घाना) के साथ समझौते किए हैं। अफ्रीका एक बढ़ता हुआ केन्द्रित क्षेत्र है: द्विपक्षीय समझौतों में से 15 अफ्रीकी साझेदारों के साथ हैं।








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